Если все так как Вы говорите, на выходе микросхемы неправильной формы импульсы, замена микросхемы на микру из донорского блока все работает, очень странно что эта микросхема вышла из строя, в вашем случае мне нечего предложить. Если бы я столкнулся с такой проблемой, обычно я отказываюсь от таких ремонтов которые не могу сделать в течении нескольких часов, так чтоб не тратить драгоценное время на ремонты с сомнительным результатом, но если за неимением возможности купить новый, меня таки заинтересуют денежной суммой которая может компенсировать потраченное время, я бы по быстрому поставил бы туда наиболее подходящий микроконтроллер и по быстрому написал бы свою прошивку.
Но мне думается заказчику проще найти на вторичном рынке блок целиком на замену. или зачем там сидят бездельники в отделе снабжения.
.